Kirken San Stefano (Malcesines skytshelgen) ligger lys og vakker på oversiden av byen, godt synlig fra sjøen. Opprinnelig har det sannsynligvis stått et hedensk tempel på dette stedet. Under frankernes herredømme ble den første kristne helligdommen reist her. Den nåværende barokkirken ble bygget på 1700-tallet og huser levningene av to lokale helgener, sankt Benigno og sankt Caro som ifølge overleveringer skal ha bodd i en grotte ved foten av Monte Baldo.
Palazzo dei Capitani fra 1400-tallet ligger like ved havnen og er større enn de øvrige historieske husene i byen. Palasset var sete for Gardasjøens øverste myndighet under den venetianske republikk. Bygningen er nylig restaurert og kan by på noen fine murmalerier og en vakker have.