Allerede i bronsealderen bodde det folk her, i pålehus langs stranden. I romertiden lå det en landsby her, og en viktig markedsplass. Navnet Lazise er avledet av det latinske ordet laceses som betyr ”ved sjøen”. Under kong Berengar II av Italia og hans sønn var Lazise fra 888 en ”fri by” uten noen lokal hersker, men direkte underlagt kongen.
I 961 trengte den tyske kong Ottos tropper sørover gjennom Adige-dalen, og la etter hvert under seg hele det nordlige Italia. Under Otto, som gjorde seg til tyskromersk keiser, fikk Lazise i 983 handelsrettigheter og rett til å bygge forsvarsverker.
Gjennom hundreårene med tyske herskere utviklet norditalienske handelsfamilier og byer atskillig lokal makt. På 1200-tallet ble Lazise okkupert av den mektige della Scala-familien i Verona. Bymuren og slottet – Castello Scaligero – er deres verk. I 1405 fikk venetianerne kontroll over byen, frem til Napoleon tok makten i Nord-Italia. Fra 1815 kom Lazise under østerriksk styre, inntil området i 1866 ble innlemmet i Italia.