Arkeologiske funn viser at folk har ferdes, bodd og drevet handel i området siden førhistorisk tid. Der hvor den moderne delen av Peschiera del Garda ligger i dag, anla romerne i sin tid byen Ardelica (ell. Arilica), et viktig handelssentrum med sitt eget rederforbund, Collegium naviculariorum Ardelicensium. I Plinius den eldres Nauralis Historia fra 1. århundre er også Ardelica nevnt. Byen lå ved Via Gallica, romertidens viktige forbindelseslinje mellom Brescia og Verona.
Under langobardenes herredømme fikk byen i 744 navnet Piscaria (fiskeplass), siden fiske var hovednæringen. I 961 omtales byen som fortezza del Garda (Garda-borgen). Under della Scala-familiens herredømme ble den enkle borgen utvidet, Gonzaga-familien overtok, og i 1440 ble festningsbyen et hovedkvarter for Republikken Venezia.
Festningsverkene i Peschiera fikk økende betydning de nesten hundreårene. De ble kraftig utbygget av Napoleon, og spilte en sentral rolle under napoleonskrigene. I neste omgang ble de ytterligere forsterket av de østerrikske herskerne. Under den første italienske frigjøringskrigen i 1848 måtte østerrikerne likevel, etter seks ukers beleiring, overgi Peschiera – inntil videre. Først i 1866 ble hele området rundt den sørlige delen av Gardasjøen en del av Italia.