Arkeologene har funnet spor etter bosetting fra romertiden og tidligere, men dagens Bardolino har sitt utspring i tidlig middelalder, da kong Berengar på slutten av 900-tallet anla en borg her. På den tiden var området underlagt Bobbio kloster (religiøst maktsenter gjennom flere hundreår, modell for klosteret i Umberto Ecos ”Rosens navn”).
På 1100-tallet skal Bardolino ha vært en autonom kommune. Senere, under della Scala-familiens herredømme, ble forsvarsverkene utvidet med en bymur som det fremdeles finnes rester av. Deretter ble området underlagt Republikken Venezia, som hadde en marinebase her. I 1526 ble Bardolino plyndret av Landsknechte (tyske leiesoldater).
Etter noen hundreår under habsburgerne og noen år under Napoleon ble området innlemmet i Kongedømmet Lombardia-Venetia, med Bardolino som et østerriksk administrativt senter. Etter mye krig og opprør ble Lombardia italiensk i 1859, og Venetia i 1866.